Война между машинами и людьми приближается к своему апогею. Бездушные механические монстры прокладывают себе путь под землю, к последнему укрытию человечества, городу Зиону. Здравый смысл подсказывает, что у людей не осталось шансов в этой борьбе. Однако древнее пророчество повествует о том, что спасение придет через одного человека — Нео. Ради этой миссии Нео должен понять свое предназначение. Но ответы заключены в самой первооснове Матрицы, и, хотя этот мир — лишь иллюзия, путь туда полон совершенно реальных опасностей.