Спустя 20 лет после событий третьего фильма Нео живет своей прежней жизнью Томаса Андерсона–известного геймдизайнера и создателя культовой игровой трилогии «Матрица». Из-за нестабильного ментального здоровья он ходит к психотерапевту, который выписывает ему синие таблетки, а однажды в кафе «Симулатте» он заговаривает с женщиной по имени Тиффани, очень напоминающей Тринити–героиню созданной им игры. Вскоре размеренной жизни мистера Андерсона грядет конец, и Нео предстоит вспомнить то, ради чего он когда-то был избран.
