Главная героиня второй части девушка Хизер Мэйсон. Она терзается ночными кошмарами с 11-летнего возраста и вынуждена со своим отцом постоянно менять место жительства, скрываясь от таинственных сил. Накануне своего 18-го дня рождения Хизер, вернувшись домой, обнаруживает, что ее отец исчез. Единственное, что она находит дома, нарисованный на стене оккультный символ с надписью «Отправляйся в Сайлент Хилл». В Сайлент Хилл Хизер узнаёт, что она не та, кем себя считает, и что была избрана, дабы остановить демона, который держит город в страхе более 30 лет.
