Спустя полгода после событий первой части Нео, Морфеус, Тринити и другие борцы за свободу продолжают сражаться с армией машин, поработившей человечество. Сопротивляться Матрице становится сложнее, и Нео учится управлять своими новыми способностями, включая возможность прочитывать коды окружающих людей и вещей. Постепенно все больше людей возвращаются к рельному миру, а центром сопротивления становится последний человеческий город, Зион.
