Во втором сезоне Юрий Брагин около полугода служит в Москве, где входит в состав трёх следственных групп. Брагину начинают поступают угрозы, а после и вовсе совершают покушение на его жизнь. Юрия переводят в другое подразделение — первый отдел Второго следственного управления Главного следственного управления СК России. Брагин возвращается в Санкт-Петербург.
Тем временем, в Санкт-Петербурге Михаил Шибанов тоже получает перевод и возможность проявить себя на новом месте. Коллеги из УФСИН просят о помощи: в Санкт-Петербурге продолжается розыск Игоря Кармухина, особо опасного преступника, сбежавшего во время пожара из психиатрического стационара закрытого типа. Во время пожара погибло четыре человека, среди них двое сотрудников Управления Федеральной Службы Исполнения Наказаний.
