Нью-Йорк. 15 лет назад мастер ниндзюцу Хамато Йоши, возвращаясь домой с только что купленными четырьмя маленькими черепашками, столкнулся в переулке с компанией подозрительных людей. Они проводили сделку по продаже загадочного вещества. Увидев нежелательного свидетеля, мужчины набросились на него и в потасовке разбили контейнер. Пролившаяся жидкость попала на Хамато и его питомцев, в результате чего мастер превратился в крысу, а черепашки – в разумных человекоподобных существ. Йоши взял себе имя Сплинтер и обосновался в канализации, все это время совершенствуя искусство ниндзюцу и обучая ему мутантов. Лидер компании – Леонардо, сдержанный и дисциплинированный, больше других уделяет время тренировкам и медитации. Он чувствует ответственность за братьев и не позволяет себе потерять голову даже в самой сложной ситуации. Не упускает случая оспорить его лидерство вспыльчивый и самонадеянный Рафаэль. Самым веселым членом черепашьей семьи является Микеланджело. Он обожает вечеринки, фантастические сериалы и комиксы. Донателло – самый умный из четверки, создатель всего снаряжения команды. Его мечта – стать человеком и заниматься наукой вместе с величайшими учеными планеты. В их 15-й день рождения учитель разрешает четверке на один день выбраться на поверхность. Там черепашки заводят дружбу с юной Эйприл и ее отцом – доктором О'Нилом. Вместе с ними противостоят инопланетной расе Крэнгов, которые являются создателями того самого мутагена и с его помощью хотят поработить Землю. Новость о появлении в городе четверки быстро доносится до Ороку Саки – лидера «Клана ноги» и сводного брата Хамато, который имеет свои счеты с родственником…
