В сиквеле знаменитого фильма маленькие шпионы Кармен и Джуни Кортез (Алекса Вега и Дэрил Сабара) попадают на остров, которого нет на карте, и знакомятся с сумасшедшим ученым Ромеро (Стив Бушеми). Ромеро как будто решил повторить опыты доктора из «Острова доктора Моро» и населил остров странными животными. Пока твари пытаются съесть детей, родители Кортезы (Антонио Бандерас и Карла Гуджино) едут их спасать. В фильме «Дети шпионов 2» дело осложняется тем, что у молодого поколения появились конкуренты, тоже дети шпионов.
