Экипаж звездолета «Энтерпрайз» проводит тайную операцию по спасению жизни на планете Нибиру. Коммандер Спок спускается в жерло вулкана, чтобы заморозить извергающуюся лаву. Когда его трос обрывается, капитан Джеймс Кирк игнорирует директиву Звездного флота и на глазах у примитивного местного племени возвращает товарища на космический корабль. В штабе адмирал Кристофер Пайк сообщает молодым людям, что за нарушение правил Спока переводят на другое судно, а Кирка отстраняют от командования. Тем временем на секретной исследовательской базе в Лондоне происходит теракт. Звездному флоту становится известно, что за взрывом стоит коммандер Джон Харрисон. Став новым капитаном «Энтерпрайза», Пайк назначает Джеймса своим помощником. Вместе они прибывают на экстренное совещание в главном штабе Звездного флота в Сан-Франциско. Внезапно на здание командования нападает Харрисон. В перестрелке погибает множество офицеров, в том числе и адмирал. Террорист телепортируется, но его удается засечь на клингонской планете Кронос. Кирк добивается разрешения отправиться вслед за преступником, чтобы отомстить за убийство человека, заменившего ему отца…
