Джимми Нейтрон – гениальный мальчик, увлекающийся наукой и изобретением высокотехнологичных устройств. Но из-за своего маленького роста он часто становится объектом для насмешек в школе. Джимми переделывает тостер в спутник связи, с помощью которого надеется связаться с братьями по разуму с других планет. Вместе со своим другом Карлом Уизером и собакой-роботом Годдардом он посылает в космос это устройство вместе с записью послания для инопланетян. Когда Джимми испытывает очередное изобретение, то это становится причиной пожара в его доме. Из-за этого родители наказывают мальчика, запретив выходить вечером гулять. Но Джимми убегает из дома, чтобы вместе с Карлом и еще одним другом Шином посетить парк развлечений «Ретролэнд». На следующее утро все взрослые в городе, в том числе Хью и Джуди Нейтроны, пропадают, оставив сообщения о том, что уезжают в длительный отпуск. Выслушав послание родителей, воспроизведённое Годдардом, Джимми начитает подозревать неладное и решает расследовать эти таинственные исчезновения…