В Ленинградской области после телефонного звонка застрелился пенсионер, перед звонком кто-то подбросил ему пистолет. К делу привлекают подполковника Елисеева. Выясняется, что один из зубов погибшего использовался как контейнер для цианида. Таким способом пользовались немецкие офицеры и их пособники. Погибший пенсионер Рощин оказывается нацистским преступником Манкевичем, след которого потерялся в 1947 году. Похоже, Манкевич убил реального Рощина и жил по его документам. Елисеев с коллегой Верой отправляется в город, где ранее видели Рощина. Дети отдают им коробку Рощина, в ней фотография двух девочек 1941 года и бумажный журавлик. После их приезда особняк ночью кто-то пытается поджечь, рядом замечают такую же машину, как возле дома Рощина в день самоубийства. Вера натыкается в архиве на дело полевой жены Манкевича Маргариты, бывшей актрисы. После войны она отсидела большой срок за сотрудничество с немцами, а сейчас живет в доме престарелых. Елисеев объясняет ей, что интересуется судьбой детей, но она отказывается сотрудничать. За Маргаритой устанавливают слежку...Утром медсестра замечает дым из ее комнаты, тело Маргариты находят в озере неподалеку... Жена Елисеева Маша признается, что у нее появился другой мужчина, и торопит с разводом. Но что-то в поведении нового избранника ее беспокоит, она просит Елисеева проверить его по своим каналам...
Антон Хабаров, исполнитель роли Андрея Елисеева: "Играть следователя очень сложно. Он может быть каким угодно, часто это функциональная роль без развития. Нужно наполнить её жизнью. В новом сезоне у моего персонажа тяжёлый период — они с супругой на грани развода. Кто это пережил, знает, что это ад. Елисеев любит жену, и она его любит, но жить вместе они не могут. Нереально давать родным тепло и трудиться на работе, которая поглощает полностью. Дети постоянно в опасности, поступают какие-то угрозы семье. В общем, это довольно стандартная история, которая используется в детективах. Но это очень по-новому раскрывает героя".
Эмилия Спивак, исполнительница роли Марии Елисеевой: "В новом сезоне зрителей ждёт продолжение истории взаимоотношений моей героини Марии с Елисеевым. Такое же непростое, с разными поворотами, взлётами и падениями. То, через что проходит Мария Елисеева, знакомо многим женщинам: муж увлечён больше делом и профессией, чем семьёй, и женщин это задевает и ранит. Им хочется внимания, тепла, и они начинают добиваться этого различными способами, которые, в свою очередь, ранят мужчин. Возникает какой-то порочный круг отсутствия взаимопонимания между двумя людьми. Они совершают ошибки, которые потом сложно прощать, становится непросто эти отношения реанимировать, спасти и возродить".
"В основе нового сезона тоже лежит реальная история. Она произошла в 1942 году: были уничтожены 214 воспитанников Ейского детского дома. Ребята жили в Симферополе, а потом их эвакуировали в Ейск — надеялись, что там никто не тронет. Но пришли нацисты и решили испытать на детях-инвалидах "газваген" — мобильную газовую камеру. Там были дети из разных стран, это массовое убийство. Вот такая трагичная история. Когда я готовился к роли Елисеева, мне из Ейска прислали книгу "От имени погибших" Леонида Дворникова — выжившего в той страшной трагедии и описавшего все те ужасы, что пережили дети", — рассказал Антон Хабаров.
Съёмки проекта "Алекс Лютый. Дело сирот" прошли в Санкт-Петербурге и Ленинградской области.
Владимир Нахабцев, режиссёр-постановщик: "Главная сложность заключалась в том, что нам нужно было снять город 1976 года. А его, как вы понимаете, нет. Поэтому мы его снимали монтажно, в разных местах, где остались советские здания. Мы избрали за основу стиль советского конструктивизма семидесятых годов, белые угловатые дома. Мы нашли такие места, советские машины и массовку".